Skalleakupunktur utføres på hodeskallen og er en moderne metode. Metoden er relativt smertefri og nålene føres inn under huden på skallen. Metoden krever kunskap om hjernens anatomi og hvilke deler og sentra av sentralnervesystmet som har ansvar for de forskjellige funskjoner og områder i kroppen. Nålene settes over de områder i hjernen man ønsker å påvirke. Skalleakupunktur kan være svært gunstig alene eller sammen med annen akupunktur ved for eksempel halvsidige lammelser, slagskader, krampeanfall, nummenhet, endret følsomhet og lokale lammelser i armer og ben.